L’amour de l’Eglise est la caractéristique de nombreuses écoles de spiritualité, cependant chacune d’elles a son trait particulier. Pour sainte Soeur Faustine l’Eglise est avant tout un don de la Divine Miséricorde, extrêmement riche, qui cons- titue un espace dans lequel s’accomplit une communion de vie entre Dieu Créateur, Dieu Sauveur et l’homme. Dans ses écrits nous trouvons une image de l’Eglise : Mère qui chérit ses enfants, et Corps Mystique du Christ dont chaque membre vit en communion avec le Chef, et avec d’autres membres.
Soeur Faustine portée par la foi mais aussi enrichie par de nombreuses révélations et expériences mystiques percevait nettement que l’Eglise était une communauté de vie des hommes avec Dieu et un lieu de sa Présence réelle. Elle écrivit dans son « Petit Journal » : Lorsque je me suis plongée dans la prière, je me suis trouvée transportée en esprit à la chapelle et j’ai vu le Seigneur Jésus exposé dans l’ostensoir; à la place de l’ostensoir, j’ai vu la face glorieuse du Seigneur et le Seigneur m’a dit: Ce que toi tu vois en réalité, ces âmes le voient par la foi (P. J. 1420).
Soeur Faustine concevait la miséricorde Divine non seulement dans l’institution même de la sainte Eglise et dans la réelle Présence de Dieu en elle, mais aussi dans son action vis-à-vis des hommes qui se manifeste surtout par sa Parole qui nous illumine et par les saints sacrements, source de multiples grâces nécessaires à la vie surnaturelle. Soeur Faustine chante cette inconcevable Miséricorde Divine dans des invocations de Litanies incluses dans le «Petit Journal » et dans beaucoup d’autres textes à travers son ouvrage ; elle y loue les différentes manifestations de la Miséricorde de Dieu : le Baptême qui nous a justifiés et nous a engendrés à la vie éternelle, le sacrement de Réconciliation et de Pénitence qui nous accorde le pardon de Dieu et nous ouvre à la conversion permanente, le sacrement de l’Eucharistie qui nous donne Jésus vivant, et tous les autres sacrements qui nous fortifient dans la grâce…(P. J. 949, 1286 ss.).
Pour Soeur Faustine, les manifestations de la miséricorde Divine dans l’Eglise c’était aussi la sainteté de Dieu qui se déverse sur ses créatures. Elle écrivit : Cette sainteté est si grande que toutes les Puissances et les Forces tremblent devant Lui. Les purs esprits voilent leur face et s’abîment dans une incessante adoration, la seule expression de la plus haute adoration est: Saint… La sainteté de Dieu se répand sur l’Église de Dieu et sur chaque âme vivant en elle ‑ à des degrés divers. Il y a des âmes toutes pénétrées de Dieu, et il y en a qui vivent à peine (P. J. 180). La possibilité que Dieu nous donne de se laisser transformer par sa grâce, de tendre à la perfection chrétienne à l’aide des moyens surnaturels, d’être invité par Lui à la communion de vie et à la pleine participation à la vie et à la mission de Jésus, suscitait en Soeur Faustine une grande reconnaissance : elle considérait tous cela comme d’immenses dons de la miséricorde, complètement immérités par l’homme, gratuitement offerts par l’Amour miséricordieux du Créateur et Sauveur. En réponse à un tel amour de Dieu répandu dans l’Eglise, elle s’écriait en toute simplicité de coeur, pleine de joie : Quelle joie d’être une fidèle enfant de l’Église ! (P. J. 481). Un tel regard porté sur l’Eglise éveillait en elle une profonde reconnaissance et le soin de devenir sainte.